Mausoleum đã đứng nhìn xuống thành phố Halicarnassus trong nhiều thế kỷ. Nó không bị động tới khi thành phố rơi vào tay Alexander Đại Đế năm 334 TCN và cũng không bị hư hại gì sau những cuộc tấn công của hải tặc năm 62 và 58 TCN. Nó đúng trên những tàn tích của thành phố trong khoảng 16 thế kỷ. Sau đó một loạt những trận động đất làm gãy vụn các cột khiến chiến binh bằng đá rơi xuống đất. Tới năm 1404 chỉ phần móng của Mausoleum còn thực sự nhận ra được.

Đầu thế kỷ mười lăm, Các hiệp sĩ dòng St John Malta đã xâm chiếm vùng này và xây dựng một lâu đài lớn. Khi quyết định củng cố nó năm 1494, họ đã sử dụng những viên đá lấy về từ Mausoleum. Năm 1522 những lời đồn đại về một cuộc tấn công của người Thổ Nhĩ Kỳ khiến các chiến binh thập tự chinh phải củng cố lại lâu đài ở Halicarnassus (khi ấy được gọi là Bodrum) và đa phần những thứ còn lại của lăng mộ đã bị đập vỡ và sử dụng để xây các bức tường pháo đài. Những phần đá cẩm thạch bóng của lăng mộ hiện vẫn còn có thể quan sát thấy.

Vào thời điểm đó một đội hiệp sĩ đã đi vào phần móng lăng mộ và khám phá ra một căn phòng có chứa một quan tài lớn. Trong mọi ghi chép về sự kiện này, ta đều thấy một lời kể như nhau: đội hiệp sĩ cho rằng khi ấy đã quá muộn để mở ngay chiếc quan tài quyết định để tới buổi sáng hôm sau sẽ quay lại nhưng họ chỉ thấy mọi thứ đã bị cướp phá và những đồ vàng bạc châu báu có thể có ở trong đã sạch trơn. Xác của Mausolus và Artemisia cũng đã mất. Các hiệp sĩ cho rằng những người dân làng Moslem đã tiến hành vụ trộm cắp đó, nhưng có lẽ chính một số chiến binh thập tự chinh trong số họ đã làm việc đó. Trên các bức tường của một ngôi mộ nhỏ bên cạnh đó chúng ta tìm thấy một câu chuyện khác. Những cuộc nghiên cứu do các nhà khảo cổ học tiến hành trong thập kỷ 1960 cho thấy một thời gian dài trước khi các hiệp sĩ có mặt tại đó, những kẻ trộm mồ mả đã đào một được hầm dưới phòng mộ, lấy đi mọi thứ trong đó. Cũng chính lăng mộ đã cung cấp bằng chứng cho thấy có lẽ giả thuyết gần với thực tế nhất là Mausolus và Artemisia đã được hỏa táng, vì thế chỉ một bình tro của họ được đặt bên trong phòng mộ. Điều này giải thích tại sao thân thể họ đã không được tìm thấy.

Trước khi xay và đốt đa phần những tàn tích điêu khắc sót lại của lăng mộ để làm vôi và vữa trát, các hiệp sĩ đã mang đi nhiều tác phẩm nghệ thuật và treo chúng trong lâu đài Bodrum. Chúng tiếp tục ở đó trong nhiều thế kỷ. Vào thời ấy, đại sứ Anh đã mang đi nhiều bức tượng từ lâu đài, chúng hiện được trưng bày tại Bảo tàng Anh.

Năm 1852 Bảo tàng đã cử nhà khảo cổ học Charles Thomas Newton tới tìm kiếm các di tích khác của Mausoleum. Ông phải đối mặt với một vấn đề khó khăn. Ông không biết vị trí chính xác của lăng mộ và số tiền để mua lại những khoảnh đất gần đó để tìm kiếm lại đắt đến như vậy. Vì thế Newton đã nghiên cứu những lời ghi chép của các học giả cổ đại như Pliny để tìm kiếm vị trí gần đúng nhất của công trình. Đào sâu xuống, Newton đã tìm kiếm tại những vùng xung quanh qua các đường hầm ông đào xuống dưới những mảnh đất nhỏ quanh đó. Ông định vị được một số bức tường, một cầu thang và cuối cùng là ba góc của móng. Nhờ vậy, Newton xác định rõ được những mảnh đất cần mua.

Sau đó Newton đã khai quật địa điểm và tìm thấy những mảnh điêu khắc từng được dùng trang trí cho bức tường công trình cũng như những phần của chiếc mái dốc. Một bánh xe trận bằng đá đường kính 2 mét (7 feet) cũng được tìm thấy, nó là một phần của bức điêu khắc trên mái Mausoleum. Cuối cùng ông đã tìm thấy những bức tượng Mausolus và Artemisia từng đứng trên tháp của công trình.

Từ năm 1966 tới 1977, Mausoleum đã được Giáo sư Kristian Jeppesen của Đại học Aarhus, Đan Mạch nghiên cứu kỹ lưỡng. Ông đã cho xuất bản một tác phẩm sáu tập về với tên gọi "The Maussolleion at Halikarnassos".

Vẻ đẹp của Mausoleum không phải từ riêng kết cấu công trình mà còn từ những trang trí và các bức tượng bên ngoài trên mỗi bậc mái. Có hàng chục bức tượng con người, sư tử, ngựa và các loài động vật khác nhiều kích cỡ từ ngang bằng, nhỏ hơn tới to hơn thực tế. Bốn nhà điêu khắc Hy Lạp đã tạo nên những bức tượng đó là: Bryaxis, Leochares, Scopas, và Timotheus, mỗi người chịu trách nhiệm một mặt. Bởi vì các bức tượng đều là tượng người và thú vật, nên Mausoleum có một vị trí đặc biệt trong lịch sử, bởi vì nó không dành cho các vị thần Hy Lạp cổ đại.

Hiện nay, toà lâu đài Các hiệp sĩ Malta to lớn vẫn đứng sừng sững tại Bodrum, và những phiến đá bóng cũng như các khối đá cẩm thạch lấy từ Mausoleum vẫn có thể được nhận ra trong đó. Tại địa điểm của Mausoleum chỉ nền móng của công trình từng là một trong bảy kỳ quan thế giới còn sót lại, cùng với một bảo tàng nhỏ. Một số bức điêu khắc còn tồn tại hiện được trưng bày trong Bảo tàng Anh tại Luân Đôn. Chúng gồm những mảnh của các bức tượng và nhiều phiến đá kiến trúc thể hiện trận đánh giữa người Hy Lạp và người Amazons. Những hình ảnh của Mausolus và hoàng hậu vẫn còn được thấy trên một số di tích đã bị vỡ của lăng mộ.